Μπορεί όλοι να «έπεσαν από τα σύννεφα» για τον τρόπο εσωτερικής λειτουργίας της «Κιβωτού του Κόσμου», όχι όμως και η Διεύθυνση Κοινωνικής  Μέριμνας  της Περιφέρειας Ηπείρου που είχε εντοπίσει αρκετά νωρίτερα σοβαρά προβλήματα στις δομές Πωγωνιανής και Κόνιτσας και είχε στείλει μάλιστα τη σχετική Έκθεση στην Εισαγγελική Αρχή Ιωαννίνων. 

Αυτό ήταν και το πρώτο ουσιαστικό ερέθισμα για να ξεκινήσει η έρευνα στη συγκεκριμένη Μη Κυβερνητική Οργάνωση, που οδήγησε τελικά σε πλήρη αλλαγή του Διοικητικού της σχήματος και της συνολικής λειτουργίας της, ξέχωρα από τις ποινικές προεκτάσεις των ζητημάτων που εξετάζονται. 

Για την Έκθεση και για τα όσα περιελάμβανε αυτή, είχαν γίνει αναφορές από αθηναϊκά Mέσα Ενημέρωσης και τις πρώτες ημέρες που πήρε διαστάσεις η υπόθεση της «Κιβωτού» με τις καταγγελίες κλπ. Μνεία σε αυτή με αναλυτικές αναφορές κάνει στην Έκθεσή του και ο Συνήγορος του Πολίτη, την οποία παρέδωσε στην Υφυπουργό Πρόνοιας και Κοινωνικής Αλληλεγγύης. 

Στα έγγραφα της Διεύθυνσης Κοινωνικής Μέριμνας της Περιφέρειας Ηπείρου, επισημαίνονταν μεταξύ άλλων, η επιβολή σκληρών και ψυχολογικά επιζήμιων τιμωριών -για «συνετισμό»-  σε ανήλικα παιδιά, που ήταν αντιπαιδαγωγικές, ενώ γινόταν λόγος και  για υποβολή των ανηλίκων «σε στρεσογόνες καταστάσεις με αποτέλεσμα ο φόβος της επικείμενης τιμωρίας να επισκιάζει την παραμονή τους στη δομή και να διαμορφώνει το συναίσθημα και τη συμπεριφορά τους».

Η Διεύθυνση Κοινωνικής Μέριμνας επεσήμανε επίσης το «παράδοξο», η φερόμενη ως Διευθύντρια των Παραρτημάτων Πωγωνιανής και Κόνιτσας, να μην έχει συνεχή φυσική παρουσία σε αυτά, καθώς είχε μετοικήσει στην Αθήνα. 

 Στην Έκθεση του Συνηγόρου του Πολίτη, αναφέρονται επίσης και τα εξής: «Περαιτέρω, σε έγγραφα της ίδιας υπηρεσίας -ειδικότερα, σε Υπηρεσιακό Σημείωμα  προς την Διεύθυνση Προστασίας Οικογένειας του Υπουργείου Εργασίας και Κοινωνικών Υποθέσεων σχετικά με το Παράρτημα της Κόνιτσας και σε Έκθεση Αξιολόγησης (με ημερομηνία 15/09/22) σχετικά με το Παράρτημα της Πωγωνιανής- αναφέρονται, μεταξύ άλλων, ανεπάρκεια των προσόντων κάποιων εργαζομένων για τις θέσεις που καταλάμβαναν, αποδυνάμωση του ρόλου των κοινωνικών λειτουργών ως προς την εκτέλεση των αρμοδιοτήτων τους, συχνή εναλλαγή προσωπικού, αντιπαιδαγωγικές μέθοδοι συνετισμού και υποβολή των παιδιών σε στρεσογόνες καταστάσεις (όπως μνημονεύεται και παραπάνω) και ανάθεση σε αυτά σωρείας βοηθητικών καθηκόντων λόγω της ανεπαρκούς στελέχωσης.

Ενδεικτικά, αναφέρεται: «Η εν λόγω δομή (Κόνιτσας) δεν διαθέτει επάρκεια προσωπικού καθώς δεν στελεχώνεται από Μάγειρα και Υπάλληλο Καθαριότητας τα Σαββατοκύριακα. Αποτέλεσμα αυτής της έλλειψης προσωπικού είναι να επιβάλλεται στα ανήλικα από τους υπεύθυνους της δομής αυτός ο ρόλος βαφτίζοντάς τον ως ‘εκπαιδευτικό πρόγραμμα’».

Σε άλλο Υπηρεσιακό Σημείωμα της Διεύθυνσης Κοινωνικής Μέριμνας της Περιφέρειας Ηπείρου σχετικά με το Παράρτημα της Κόνιτσας επισημαίνεται ότι «δεν εξασφαλίζεται η παροχή ίσων ευκαιριών σε όλα τα παιδιά ως προς την δυνατότητα εξωσχολικής ενισχυτικής διδασκαλίας (προετοιμασία για πανελλήνιες εξετάσεις σε αδύναμους μαθητές), ούτε η δυνατότητα εκμάθησης ξένων γλωσσών σε όλα τα παιδιά».

 Η έρευνα του Συνήγορου του Πολίτη ταυτίζεται και σε άλλα σημεία με τις διαπιστώσεις της Διεύθυνσης Κοινωνικής Μέριμνας της Περιφέρειας Ηπείρου, για περιορισμένη συνεργασία της «Κιβωτού» με τις οικογένειες των παιδιών, ενώ και όσες προγραμματίζονταν ήταν σύντομες και γίνονταν παρουσία πάντα κοινωνικού λειτουργού, ενώ και η τηλεφωνική επικοινωνία γίνονταν με ανοικτή ακρόαση. 

Επίσης σε έγγραφα της Διεύθυνσης Κοινωνικής Μέριμνας της Περιφέρειας Ηπείρου σχετικά με το Παράρτημα Κόνιτσας επισημαίνονταν η απαγόρευση κάθε μετακίνησης κοριτσιών εφηβικής ηλικίας εκτός της δομής χωρίς συνοδεία, καθώς και η απαγόρευση συμμετοχής τους σε κοινωνικές ή ψυχαγωγικές δραστηριότητες με συμμαθητές και άλλους συνομηλίκους τους, και συστήνονταν προς την οργάνωση η αλλαγή των πρακτικών αυτών.

«Από την παραπάνω και άλλες μαρτυρίες πρώην φιλοξενούμενων προκύπτει, ότι η ψυχαγωγία και κοινωνικοποίηση των παιδιών εκτός της οργάνωσης παρεμποδίζονταν ή περιορίζονταν σημαντικά, ή αντιμετωπίζονταν ως ειδικό προνόμιο το οποίο παρέχονταν υπό όρους, σύμφωνα με την κρίση και αξιολόγηση των υπευθύνων της εκάστοτε δομής», προσθέτει ακόμη ο Συνήγορος του Πολίτη.