Εξαιρετικά προβληματική χαρακτηρίζει το ΓΕΩΤΕΕ την εφαρμογή του νέου Εθνικού Μητρώου Καταγραφής Ζώων Συντροφιάς, αν και σύμφωνα με την Κυβέρνηση πρόκειται για ένα έργο στόχος του οποίου είναι η βελτίωση των συνθηκών ζωής των ζώων συντροφιάς και η προστασία των αδέσποτων ζώων, με τη συνέργεια των αρμόδιων κρατικών φορέων της τοπικής αυτοδιοίκησης, κτηνιάτρων, φιλοζωικών σωματείων και οργανώσεων, καθώς και καταφυγίων. 

Όπως μεταξύ άλλων, αναφέρει σε ανακοίνωσή του το ΓΕΩΤΕΕ «είναι λάθος η μεταφορά αρμοδιοτήτων που σχετίζονται με τα Ζώα Συντροφιάς (Ζ.Σ.) από το ΥΠ.Α.Α.Τ. στο Υπουργείο Εσωτερικών, γιατί επιφέρει πλήρη διάσπαση του κρατικού ελεγκτικού μηχανισμού, αποδυναμώνοντας ακόμη περισσότερο την πραγματοποίηση των σχετικών ελέγχων, με κορυφαίο και κρίσιμο παράδειγμα αυτό των ελέγχων των ζωοανθρωπονόσων».

Σχετικά με την τήρηση του Εθνικού Μητρώου Ζ.Σ. στο Υπουργείο Εσωτερικών, το ΓΕΩΤΕΕ υποστηρίζει ότι «ήταν ακατανόητη η μεταφορά ενός τόσου σημαντικού ψηφιακού εργαλείου σε ένα Υπουργείο, το οποίο εκ της φύσης του δεν μπορεί να αξιολογήσει την πορεία της διαρκούς ενημέρωσης του Μητρώου, να αξιοποιήσει τα δεδομένα του, να αναγνωρίσει έγκαιρα την ανάγκη βελτίωσής του…».

Όσον αφορά τη μεταφορά σημαντικών αρμοδιοτήτων που έχουν να κάνουν με την προστασία, ευζωία και διαχείριση των δεσποζόμενων και αδέσποτων Ζ.Σ. από τους Δήμους σε φιλοζωικές οργανώσεις, Μ.Κ.Ο. και Ν.Π.Ι.Δ., ιδιαίτερα δε όσον αφορά την εμπλοκή Ν.Π.Ι.Δ. και Μ.Κ.Ο. στην υπογραφή συμβάσεων με τους Δήμους για την ανάληψη των προγραμμάτων διαχείρισης των αδέσποτων, το ΓΕΩΤΕΕ επισημαίνει ότι τίθενται πολλά ζητήματα ασυμβατότητας μιας τέτοιας ρύθμισης με τους υπάρχοντες ενωσιακούς κανονισμούς περί δημοσίων συμβάσεων. «Δεν υπάρχει καμία διαδικασία λειτουργίας και ελέγχου για όλες αυτές τις Μ.Κ.Ο. που θα διαχειριστούν δημόσιους πόρους (κονδύλια και δομές) και θα γίνουν εργοδότες των ιδιωτών - κτηνίατρων χωρίς κανέναν έλεγχο (συνθήκες εργασίας, αμοιβές, κ.ο.κ.)», τονίζει σχετικά.

Σχετικά με τη λήψη του γενετικού υλικού και την αποστολή σε Τράπεζα Γενετικού Υλικού, το ΓΕΩΤΕΕ υποστηρίζει ότι δεν θα έχει αποτελέσματα, ειδικά με τον τρόπο που σχεδιάστηκε ως διαδικασία, ρίχνοντας όλη την ευθύνη στους κτηνίατρους (λήψη δειγμάτων, αποστολή κ.λπ.) και αποδίδοντάς τους μια πενιχρή αμοιβή για μια χρονοβόρα κτηνιατρική πράξη. Αντ’ αυτού, είχε προτείνει τη θεσμοθέτηση κινήτρων για τη στείρωση των δεσποζόμενων ζώων και την πανελλαδική, συντονισμένη πληροφόρηση των ιδιοκτητών τους για την αναγκαιότητα και τα οφέλη που προκύπτουν από αυτή.

Επίσης στην ανακοίνωσή του το ΓΕΩΤΕΕ σημειώνει ότι «είναι λάθος η πλήρης κατάργηση του έντυπου Βιβλιαρίου Υγείας του Ζώου και η αντικατάστασή του με ένα αντίστοιχο ηλεκτρονικό Βιβλιάριο. Το ΓΕΩΤ.Ε.Ε. δεν διαφώνησε στη δημιουργία ηλεκτρονικού Βιβλιαρίου (στο οποίο εντούτοις πρέπει να καταγράφονται μόνο τα υποχρεωτικά και εκ του νόμου προβλεπόμενα νοσήματα, εμβολιασμοί και λοιπές κτηνιατρικές πράξεις και αγωγές), εντούτοις τόνισε και τονίζει την ανάγκη συνύπαρξης και των δύο, καθώς κάτι τέτοιο θα διευκολύνει όσους δεν έχουν άμεση πρόσβαση στην ψηφιακή βάση (π.χ. τον ιδιοκτήτη, τον ιδιώτη κτηνίατρο, τα ελεγκτικά όργανα στο πεδίο κ.λπ.)».