Οι σημερινοί ενοριακοί Ναοί, μνημεία κυρίως των μέσων του 19ου αιώνα, είναι και οι παλαιότεροι σωζόμενοι στην πόλη των Ιωαννίνων, στην οποία δεν έχουν διασωθεί χριστιανικά οικοδομήματα παλαιότερα του 19ου αι.

Με την πτώση του Αλή - πασά (1822) και την καταστροφή των Ναών των Ιωαννίνων, όλοι οι Ναοί ξανακτίστηκαν μέσα σε διάστημα περίπου σαράντα ετών (1831-1872). Κτίστηκαν με χρήματα ξενιτεμένων, αλλά και με την συμμετοχή του «κοινού των Χριστιανών» «Την πρωτοβουλία και την επιστασία των έργων είχαν εξ ολοκλήρου οι εκκλησιαστικές επιτροπές, στις οποίες μετείχαν συνήθως μέλη επαγγελματικών συντεχνιών».

Οι Ναοί, σύμφωνα και με πηγές του περασμένου αιώνα, είναι:

Του Αρχιμανδρείου, Ναός τιμώμενος στην Κοίμηση της Θεοτόκου. «Μοναστήριον αρχαιότατον και σεβάσμιον, ου πλησίον κείνται τα αρχαιότατα των Εβραίων μνήματα». Τον ανακαίνισε η πόλη «εκ των εκ Βλαχίας μοναστηριακών προσόδων».

Το Αρχιμανδρειό από τα χρόνια του Δεσποτάτου της Ηπείρου (14ος αι.) ήταν γυναικείο μοναστήρι, που λειτουργούσε μέχρι τις αρχές του 20ου αιώνα. Ο Ναός του Αρχιμανδρειού δεν είχε καεί αλλά τον κατεδάφισαν για να χτίσουν μεγαλύτερο και πιο ευρύχωρο. «Αρξαμένης της οικοδομής από του έτους 1858 και ληξάσης τω έτει 1864».

Ο Ναός της Περιβλέπτου, σεμνυνόμενος κι αυτός στην μνήμη της Κοιμήσεως της Θεοτόκου, παλαιά ήταν μοναστήρι. Ο σημερινός Ναός «ανηγέρθη και πάλιν τω 1838 διά της γενναίας και αξιεπαίνου συνδρομής των εν τη αλλοδαπή αποδημούντων Ιωαννιτών». (Στο ναό της Περιβλέπτου εδίδαξε ο ισαπόστολος Κοσμάς ο Αιτωλός στις 4 Αυγούστου 1779, είκοσι ημέρες πριν από το μαρτύριό του. Ο Ναός κτίστηκε με χρήματα των αδελφών Ζωσιμά.

Τα μοναστήρια Αρχιμανδρειού και Περιβλέπτου ήταν τα μόνα που σώθηκαν και μετατράπηκαν σε ενοριακούς Ναούς. Υπενθυμίζουμε επίσης, ότι όταν ιδρύθηκε η Μονή του Αρχιμανδρείου ήταν έξω από την πόλη, σε περιοχή ερημική. Αργότερα η περιοχή κατοικήθηκε και η «Παναγία η Χιμαντριώτισσα» εξυπηρετούσε όλες τις ανάγκες της Ενορίας και παρέμεινε ως ενοριακός Ναός.

Ο Ναός Αγ. Νικολάου Αγοράς, ο ονομαζόμενος παλαιότερα και Αγ. Νικόλαος του Λουτρού, «κτίστηκε το πρώτον κατά τας αρχάς της ΙΣΤ’ εκατοεντατηρίδος» αλλά ανηγέρθη και πάλι το 1837 με την γενναία συνδρομή των αδελφών Ζωσιμάδων και του Γεωργίου Χατζηκώστα.

Ο Ναός του Αγ. Αθανασίου, μητροπολιτικός ναός της πρωτεύουσας της Ηπείρου, τον οποίο «ίδρυσεν ο ιερεύς Ιωάννης» το 1742, ξανακτίστηκε το 1803 και πυρπολήθηκε το 1820.

«Η εκκλησία του Αγ. Αθανασίου εσώζετο προ της μετοικήσεως των Χριστιανών του φρουρίου (1611). Και υπήρχεν ικανού μεγέθους». Ο μητροπολιτικός ναός χαρακτηρίζεται ως «περιφανής και λαμπρά εκκλησία, μεγαλοπρεπεστάτη, ως ουδεμία άλλη των Χριστιανών εκκλησία εις όλην την Οθωμανικήν επικράτειαν».

Αυτά γράφουν σε επιστολή - 18 Ιουλίου 1832, ο Μητροπολίτης και η πόλη των Ιωαννίνων προς τον «Ευγενέστατον φιλόχριστον και ευγενέστατον ημίν συμπατριώτην κ. Νικόλαον Ζωσιμάν εις Νίζναν». Κατασκευάστηκε με δαπάνη των αδελφών Ζωσιμά.

«Ο της Αγ. Μαρίνης κτισθείς κατά το 1791», είναι η πρώτη αναφορά για τον ναό της Αγ. Μαρίνης. Δεν γνωρίζουμε αν παλαιότερα υπήρχε ναός και καταστράφηκε, αλλά δεν γίνεται και καμμιά αναφορά ναού Αγ. Μαρίνης στις αναφερόμενες εκκλησίες και μονές προ του 1611.

Το έτος 1809 «ο Γ. Γοργόλης μετά του Στεφάνου Μπούμπα ανίδρυσαν και τον ναόν της Αγ. Μαρίνης», αλλά και «καθιέρωσαν και τας γινομένας αυτόθι πανηγύρεις της 23ης Απριλίου και 27ης Δεκεμβρίου εκάστου έτους».

Τα Γιάννινα στις 25 Αυγούστου 1820 παραδίνονται στο έλεος του πυρός Καίγονται οι εκκλησίες τους, εκτός από το Αρχιμανδρειό. Καίγονται τα σχολεία του Καπλάνη και η Ζωσιμαία με τις βιβλιοθήκες τους και τα εργαστήριά τους με τα όργανα φυσικής. Καίγεται «το άνθος της πολιτείας όλον» και ο «αρχοντομαχαλάς» [περιοχή Αγ. Νικολάου Αγοράς]. Μαζί με όλα τα χριστιανικά οικοδομήματα καίγονται και τα παλάτια του Αλή - πασά και των γυιών του Μουχτάρ και Βελή στα Λιθαρίτσια.

Ο πυρποληθείς Ναός της Αγ. Μαρίνης ήταν ωραιότατος και ο λαμπρότερος από τους ναούς των Ιωαννίνων, αναφέρει ο Άγγλος περιηγητής Hughes (Χιούζ), ο οποίος βρίσκεται στα Γιάννινα το 1813. Θαυμάζει «την ωραιότητα και τον στολισμόν» της Αγ. Μαρίνης και τον χαρακτηρίζει «ως τον κάλλιστον και λαμπρότερον των εν Ιωαννίνοις υπαρχόντων ιερών ναών».

Ο σημερινός Ναός «ανηγέρθη διά της μεγαλοδωρίας των αδελφών Ζωσιμά» και εγκαινιάστηκε το 1852..