Ο Χρύσανθος γεννήθηκε το 1881 στη Γρατινή της Ροδόπης, κοντά στην Κομοτηνή. Το κοσμικό του όνομα ήταν Χαρίλαος Φιλιππίδης. Μεγάλωσε σε περιβάλλον όπου η Ορθόδοξη Εκκλησία και η ελληνική παιδεία αποτελούσαν βασικά στοιχεία της κοινωνικής και πνευματικής ζωής. Το 1897 εισήλθε στη Θεολογική Σχολή της Χάλκης, από την οποία αποφοίτησε το 1903. Εκεί χειροτονήθηκε διάκονος και έλαβε το όνομα Χρύσανθος. Μετά τις σπουδές του εγκαταστάθηκε στην Τραπεζούντα, όπου υπηρέτησε ως ιεροκήρυκας και καθηγητής στο περίφημο Φροντιστήριο Τραπεζούντας.

Η επαφή του με τον Ποντιακό Ελληνισμό υπήρξε καθοριστική για τη μετέπειτα πορεία του. Το 1907 αναχώρησε για την Ευρώπη, όπου συνέχισε τις σπουδές του στη Λωζάννη και στη Λειψία. Η παραμονή του στην Ευρώπη διεύρυνε τους πνευματικούς του ορίζοντες και του έδωσε σημαντικά εφόδια για τη μετέπειτα εκκλησιαστική και διπλωματική του δράση. Με την επιστροφή του στην Κωνσταντινούπολη ανέλαβε σημαντικές θέσεις στο Οικουμενικό Πατριαρχείο και εργάστηκε ως αρχειοφύλακας και αρχισυντάκτης της «Εκκλησιαστικής Αλήθειας», του επίσημου οργάνου του Πατριαρχείου. Στις 18 Μαΐου 1913 εξελέγη Μητροπολίτης Τραπεζούντας, σε ηλικία μόλις 32 ετών. Η εκλογή του συνέπεσε με μία περίοδο κατά την οποία η κατάσταση για τους χριστιανικούς πληθυσμούς της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας γινόταν ολοένα δυσκολότερη. Ο Α΄ Παγκόσμιος Πόλεμος που ξέσπασε το 1914 μετέτρεψε τον Πόντο σε περιοχή στρατιωτικών συγκρούσεων και μεγάλων πληθυσμιακών αναστατώσεων. Ο Χρύσανθος αντιλήφθηκε ότι ο ρόλος του Μητροπολίτη δεν μπορούσε πλέον να περιορίζεται στα εκκλησιαστικά καθήκοντα. Έπρεπε να προστατεύσει τον πληθυσμό, να οργανώσει την κοινωνική ζωή και να λειτουργήσει ως εκπρόσωπος των Ελλήνων απέναντι στις πολιτικές και στρατιωτικές αρχές.

Το 1916 τα ρωσικά στρατεύματα κατέλαβαν την Τραπεζούντα. Η εξέλιξη αυτή δημιούργησε ένα εντελώς νέο πολιτικό περιβάλλον. Ο Χρύσανθος βρέθηκε σε κεντρικό ρόλο στη διοίκηση της πόλης. Η συμπεριφορά του κατά την περίοδο της ρωσικής κατοχής υπήρξε ιδιαίτερα σημαντική. Παρά το γεγονός ότι ήταν ο πνευματικός ηγέτης των Ελλήνων, προσπάθησε να διατηρήσει την τάξη και να προστατεύσει όχι μόνο τους χριστιανούς αλλά και τον μουσουλμανικό πληθυσμό από πράξεις εκδίκησης. Η ρωσική αποχώρηση μετά την Επανάσταση του 1917 δημιούργησε νέα προβλήματα. Οι τουρκικές αρχές επέστρεψαν και η κατάσταση των Ελλήνων του Πόντου έγινε δραματική. Το 1919 ταξίδεψε στο Παρίσι και συμμετείχε στις προσπάθειες εκπροσώπησης των Ελλήνων του Πόντου στη Διάσκεψη Ειρήνης, εκθέτoντας τα πραγματικά γεγονότα στον Ελευθέριο Βενιζέλο. Επιδίωξή του ήταν να πεισθούν οι Μεγάλες Δυνάμεις ότι ο Ποντιακός Ελληνισμός δικαιούνταν πολιτική και εθνική αποκατάσταση. Στις προτάσεις που συζητήθηκαν περιλαμβανόταν η δημιουργία αυτόνομης ή ανεξάρτητης πολιτικής οντότητας στον Πόντο, με εγγυήσεις για τη συνύπαρξη των διαφορετικών πληθυσμών. Οι διεθνείς εξελίξεις, όμως, δεν ευνόησαν τελικά τα σχέδια αυτά.

Το 1921 καταδικάστηκε ερήμην σε θάνατο από το Δικαστήριο Ανεξαρτησίας της Αμάσειας. Η καταδίκη του εντάσσεται στο ευρύτερο κύμα διώξεων εναντίον της πολιτικής, οικονομικής και πνευματικής ηγεσίας του Ποντιακού Ελληνισμού. Η απόφαση αυτή είχε συμβολική σημασία. Ο Χρύσανθος είχε γίνει ένας από τους σημαντικότερους διεθνείς εκπροσώπους των Ποντίων και θεωρήθηκε από τις κεμαλικές αρχές πολιτικός αντίπαλος.

Μετά τη Μικρασιατική Καταστροφή ο Χρύσανθος εγκαταστάθηκε οριστικά στην Ελλάδα. Η απώλεια της Τραπεζούντας δεν σήμαινε για εκείνον το τέλος της δράσης του. Αντίθετα, ξεκίνησε μια νέα προσπάθεια: η διατήρηση της ιστορικής μνήμης του Ποντιακού Ελληνισμού. Το 1927 ιδρύθηκε η Επιτροπή Ποντιακών Μελετών, με τον Χρύσανθο στην ηγεσία της. Η Επιτροπή συνέβαλε στη συγκέντρωση και έκδοση ιστορικών, λαογραφικών και εκκλησιαστικών στοιχείων για τον Πόντο.

Ο ίδιος υπήρξε σημαντικός συγγραφέας. Ανάμεσα στα σημαντικότερα έργα του βρίσκεται η «Εκκλησία Τραπεζούντος», μια πολύτιμη καταγραφή της εκκλησιαστικής ιστορίας της περιοχής. Ιδιαίτερη σημασία έχουν επίσης οι «Βιογραφικαί αναμνήσεις», μέσα από τις οποίες ο ίδιος καταγράφει γεγονότα που έζησε και πρόσωπα με τα οποία συνεργάστηκε.

Το 1938 ο Χρύσανθος εξελέγη Αρχιεπίσκοπος Αθηνών και πάσης Ελλάδος. Στη νέα του θέση ανέπτυξε εκκλησιαστική και φιλανθρωπική δράση, όμως η θητεία του έμελλε να συνδεθεί με μία ακόμη μεγάλη δοκιμασία του Ελληνισμού. Τον Απρίλιο του 1941 η Ελλάδα καταλήφθηκε από τις δυνάμεις του Άξονα. Οι Γερμανοί επιδίωξαν τη δημιουργία κατοχικής κυβέρνησης υπό τον στρατηγό Γεώργιο Τσολάκογλου. Ο Χρύσανθος αρνήθηκε να ορκίσει την κυβέρνηση. Η απόφασή του ήταν πράξη πολιτικού και εκκλησιαστικού θάρρους.

Η στάση του είχε συνέπειες. Στις 2 Ιουλίου 1941 απομακρύνθηκε από τον αρχιεπισκοπικό θρόνο. Μετά την απομάκρυνσή του από την Αρχιεπισκοπή, αποσύρθηκε από τα δημόσια αξιώματα και έζησε στην Αθήνα. Παρέμεινε όμως πνευματικά δραστήριος και συνέχισε να ασχολείται με τη συγγραφή και την ιστορία του Πόντου. Πέθανε στις 28 Σεπτεμβρίου 1949. Έφυγε από τη ζωή έχοντας ζήσει σχεδόν όλες τις μεγάλες ανατροπές του πρώτου μισού του 20ού αιώνα.

Υπήρξε ένας ιεράρχης που βρέθηκε πολλές φορές ανάμεσα στην Εκκλησία και την πολιτική, ανάμεσα στη διπλωματία και την εθνική αγωνία, ανάμεσα στην προσφυγιά και στη μνήμη. Η ιστορία του Ποντιακού Ελληνισμού δεν μπορεί να γραφτεί χωρίς την παρουσία του. Ο Χρύσανθος δεν μπόρεσε να επιστρέψει ποτέ στην Τραπεζούντα. Κατάφερε όμως να μεταφέρει μαζί του στην Ελλάδα ένα μεγάλο μέρος της ιστορικής και πνευματικής της κληρονομιάς. Και αυτή ίσως είναι η μεγαλύτερη παρακαταθήκη του: ότι η πατρίδα μπορεί να χαθεί ως τόπος, αλλά δεν χάνεται όταν παραμένει ζωντανή στη μνήμη, στην ιστορία και στις επόμενες γενιές.