Η ίδρυσή του υπήρξε καρπός ενός μεγάλου οράματος: η δημιουργία ενός πνευματικού και εκπαιδευτικού κέντρου που θα διαμόρφωνε ιερείς και διδασκάλους ικανούς να υπηρετήσουν τις ανάγκες της Ηπείρου, σε μια εποχή κατά την οποία η περιοχή βρισκόταν ακόμη υπό οθωμανική κυριαρχία. Ο ίδιος ο Σπυρίδων οραματιζόταν τη σχολή ως «διαυγή πηγή», από την οποία θα προέρχονταν οι μορφωμένοι και σθεναροί «ιερείς και διδάσκαλοι της υπαίθρου χώρας». Η Βελλά, επομένως, δεν υπήρξε απλώς ένα εκπαιδευτήριο, αλλά ένας θεσμός με βαθύτερη πνευματική, κοινωνική και εκπαιδευτική αποστολή.

Η εκπαιδευτική της πορεία υπήρξε μακρά και πολυκύμαντη, προσαρμοζόμενη στις ανάγκες και στις μεταβολές κάθε εποχής. Από το 1911 έως το 1924 λειτούργησε ως Ιερατική Σχολή, με τετραετές πρόγραμμα σπουδών, τύπου Ιεροδιδασκαλείου. Από το 1927 έως το 1939 λειτούργησε ως Αγροτικό Ιεροδιδασκαλείο, με πενταετές πρόγραμμα, ενώ από το 1939 έως το 1977 ως Ιεροδιδασκαλείο, με εξαετή φοίτηση. Το 1977 πέρασε σε νέα εκπαιδευτική περίοδο ως Εκκλησιαστική Παιδαγωγική Ακαδημία, με τριετές πρόγραμμα σπουδών, η οποία λειτούργησε έως το 1989. 

Μετά από μια περίοδο αναδιοργάνωσης, η εκπαιδευτική συνέχεια της Βελλάς εκφράστηκε από το 1993 έως το 2006 μέσω της Ανωτέρας Εκκλησιαστικής Σχολής Βελλάς, αρχικά με τριετές πρόγραμμα και, από το 2001, με έξι εξάμηνα σπουδών επιπέδου Τ.Ε.Ι. Η εξέλιξη αυτή κορυφώθηκε το 2006, με την ίδρυση της Ανώτατης Εκκλησιαστικής Ακαδημίας Βελλάς Ιωαννίνων, η οποία λειτούργησε έως το 2022 με οκτώ εξάμηνα σπουδών πανεπιστημιακού επιπέδου και δύο κατευθύνσεις: Πρόγραμμα Ιερατικών Σπουδών και Πρόγραμμα Εκκλησιαστικής Μουσικής και Ψαλτικής.

Παράλληλα με την εκπαιδευτική της εξέλιξη, η Βελλά υπήρξε ένας ζωντανός οργανισμός που συνδέθηκε στενά με τις ιστορικές περιπέτειες της Ηπείρου και της Ελλάδας. Κατά τον Ελληνοϊταλικό Πόλεμο τα κτίριά της χρησιμοποιήθηκαν ως νοσοκομείο και η σχολή αναγκάστηκε να μετακινηθεί, αρχικά στην Αθήνα στο 3ο και 4ο Δημοτικό Σχολείο, στο τέλος της οδού Σίνα και στη συνέχεια στα Ιωάννινα στο Ίδρυμα Γεωργίου Σταύρου.  Αντίστοιχες δυσκολίες αντιμετώπισε και κατά την περίοδο του Εμφυλίου. 

Παρά τις αντιξοότητες, όμως, η εκπαιδευτική της αποστολή συνεχίστηκε. Στις τάξεις της φοίτησαν γενιές νέων από ολόκληρη την Ήπειρο, πολλοί από τους οποίους αναδείχθηκαν σε δασκάλους, ιερείς και σημαντικούς ανθρώπους της κοινωνικής και πνευματικής ζωής. Η σχολή προσέφερε ένα ευρύ πρόγραμμα, που συνδύαζε τη γενική παιδεία, τη θεολογία, την παιδαγωγική και, κατά την αγροτική της περίοδο, τη γεωπονική εκπαίδευση, ενώ η πρακτική άσκηση και η λειτουργία Δημοτικού Σχολείου συμπλήρωναν την εκπαιδευτική της αποστολή.

Η πορεία της Βελλάς στηρίχθηκε διαχρονικά στη συμπαράσταση της Εκκλησίας, των ευεργετών και της τοπικής κοινωνίας. Η οικονομική ενίσχυση του Αλεξίου Πάλλη, η συνεισφορά των Ιερών Μονών και Ναών των επαρχιών Πωγωνίου και Κόνιτσας, η προσφορά των κατοίκων, τα βορειοηπειρωτικά κληροδοτήματα, οι έρανοι και η αξιοποίηση της αγροτικής περιουσίας της Μονής συνέβαλαν αποφασιστικά στη λειτουργία και την ανάπτυξη του ιδρύματος. Η Βελλά κατόρθωσε έτσι να αποτελέσει έναν από τους σημαντικότερους εκκλησιαστικούς και παιδευτικούς θεσμούς της Ηπείρου, συνδέοντας την Ορθόδοξη παράδοση με την παιδεία, την κοινωνική προσφορά και την πνευματική καλλιέργεια. Η ακτινοβολία της δεν περιορίστηκε στα όρια της Μονής· μεταφέρθηκε μέσα από τους αποφοίτους της σε ολόκληρη την ηπειρωτική κοινωνία και πέρα από αυτήν.

Σήμερα, η παράδοση της Βελλάς συνεχίζεται μέσα από τη Σχολή Μαθητείας Υποψηφίων Κληρικών Βελλάς Ιωαννίνων, η οποία απευθύνεται σε όσους επιθυμούν να υπηρετήσουν την Εκκλησία ως κληρικοί. Προϋπόθεση για την εισαγωγή αποτελεί η αποφοίτηση από Λύκειο, ενώ βασικό κριτήριο είναι η έγγραφη συναίνεση του Μητροπολίτη της περιοχής όπου διαμένει ο υποψήφιος. Έτσι, παρά τις θεσμικές και εκπαιδευτικές μεταβολές που γνώρισε μέσα σε περισσότερο από έναν αιώνα, η Βελλά εξακολουθεί να διατηρεί τον πυρήνα της αρχικής της αποστολής: την καλλιέργεια ανθρώπων που επιθυμούν να διακονήσουν την Εκκλησία και την κοινωνία. 

Από την Ιερατική Σχολή του 1911 έως τη σύγχρονη Σχολή Μαθητείας Υποψηφίων Κληρικών, η Βελλά παραμένει ένας τόπος όπου η ιστορία, η πίστη, η παιδεία και η παράδοση συναντώνται, αφήνοντας ένα διαχρονικό αποτύπωμα στην πνευματική ζωή της Ηπείρου.