Η φήμη της Μονής ξεπέρασε τα όρια της Ηπείρου ήδη από τον 19ο αιώνα. Κατά την επίσκεψή του στη Ζίτσα, τον Οκτώβριο του 1809, ο Λόρδος Βύρων γοητεύτηκε από τη μοναδική θέα και τη γαλήνη του τόπου, τις οποίες αποτύπωσε στο έργο του Το Προσκύνημα του Τσάιλντ Χάρολντ. Αντίστοιχα, ο αυτοκράτορας του Μεξικού Μαξιμιλιανός εξέφρασε τον θαυμασμό του για το φυσικό κάλλος της περιοχής, αναγνωρίζοντας τη μοναδική αισθητική αξία του τοπίου.

Σύμφωνα με τις διαθέσιμες ιστορικές μαρτυρίες, η μονή μεταφέρθηκε στη σημερινή της θέση το 1598, ενώ ως κτήτοράς της αναφέρεται ο ιερομόναχος Αθανάσιος. Κατά τους επόμενους αιώνες γνώρισε σημαντική οικονομική και πνευματική άνθηση, αποκτώντας μεγάλη ακίνητη περιουσία και αναπτύσσοντας ένα εκτεταμένο μοναστηριακό συγκρότημα. Κεντρικό του στοιχείο αποτελεί ο ναός του Προφήτη Ηλία, ο οποίος διατηρείται έως σήμερα. Οι τοιχογραφίες του, που ολοκληρώθηκαν το 1658 κατά την αρχιερατεία του μητροπολίτη Ιωαννίνων Καλλινίκου, αποτελούν αξιόλογο δείγμα μεταβυζαντινής εκκλησιαστικής τέχνης, παρά τις φθορές που υπέστησαν κατά τις πολεμικές αναταραχές των αρχών του 20ού αιώνα.

Γύρω από τον ναό αναπτυσσόταν ένα οργανωμένο συγκρότημα με περισσότερα από τριάντα κελιά, αποθήκες, κελάρια, στάβλους, φούρνους και βοηθητικούς χώρους, το οποίο εξυπηρετούσε τόσο τις ανάγκες της μοναστικής αδελφότητας όσο και τη φιλοξενία προσκυνητών και ταξιδιωτών. Η μονή υπήρξε επί μακρόν σημαντικό θρησκευτικό, οικονομικό και κοινωνικό κέντρο της περιοχής, διαδραματίζοντας ουσιαστικό ρόλο στην καθημερινή ζωή της τοπικής κοινωνίας.

Η περίοδος της ακμής άρχισε να υποχωρεί μετά τα μέσα του 19ου αιώνα, όταν η απώλεια σημαντικών εσόδων από τα μετόχια της και η σταδιακή οικονομική αποδυνάμωση οδήγησαν στη συρρίκνωση της μοναστικής κοινότητας. Με την πάροδο των χρόνων οι εγκαταστάσεις εγκαταλείφθηκαν, ενώ μετά τον θάνατο του τελευταίου διαχειριστή, Δημητρίου Πανταζάκου, γνωστού ως «Μπασιαμήτρου», η μονή έμεινε χωρίς μοναστική παρουσία. Η έλλειψη πόρων για τη συντήρηση είχε ως αποτέλεσμα την κατάρρευση των περισσότερων κτιρίων, με εξαίρεση τον ναό, που διασώθηκε ως πολύτιμο ιστορικό και θρησκευτικό μνημείο.

Το 1930 η μοναστηριακή περιουσία περιήλθε στη διαχείριση του Οργανισμού Διαχειρίσεως Εκκλησιαστικής Περιουσίας, εξέλιξη που προκάλεσε έντονες αντιδράσεις στη Ζίτσα. Έναν χρόνο αργότερα, οι κάτοικοι απέστειλαν διαμαρτυρία ζητώντας να παραμείνει η μονή στην τοπική κοινωνία και να διαφυλαχθεί ως ιστορικό και εθνικό κειμήλιο. Το σχετικό τηλεγράφημα δημοσιεύθηκε στην εφημερίδα Εστία την 1η Ιουλίου 1931, υπογραμμίζοντας τον σημαντικό πνευματικό και εκπαιδευτικό ρόλο που είχε διαδραματίσει η μονή κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας.

Παρά τις απώλειες που υπέστη στο πέρασμα των αιώνων, η Μονή του Προφήτη Ηλία εξακολουθεί να αποτελεί αναπόσπαστο στοιχείο της ιστορικής ταυτότητας της Ζίτσας και ένα από τα σημαντικότερα μνημεία της Ηπείρου, διατηρώντας ζωντανή τη μνήμη της μακραίωνης θρησκευτικής, πολιτιστικής και κοινωνικής της προσφοράς.