Η διαφωνία του Βενιζέλου με την οικονομική πολιτική της κυβέρνησης οδήγησε τελικά στην παραίτησή της. Στις 4 Ιουλίου ανέλαβε την πρωθυπουργία, ενώ στις 9 Ιουλίου προκηρύχθηκαν εκλογές για τις 19 Αυγούστου. Ο Βενιζέλος ανασυγκρότησε το Κόμμα των Φιλελευθέρων, ενώ ο Καφαντάρης και άλλοι δυσαρεστημένοι βενιζελικοί ίδρυσαν το Κόμμα των Προοδευτικών.

Μέσα σε αυτή την προεκλογική περίοδο, τα Ιωάννινα βρέθηκαν στο επίκεντρο ενός δραματικού γεγονότος. Στις 4 Αυγούστου 1928, κατά την πρώτη επίσκεψή του στην πόλη, ο Βενιζέλος έφτασε στην Ήπειρο, όπου έγινε δεκτός με ιδιαίτερη λαμπρότητα. Το βράδυ μίλησε στην κεντρική πλατεία, από τον εξώστη του ξενοδοχείου «Αβέρωφ». Την ίδια όμως ημέρα είχε γίνει γνωστή μια είδηση που συγκλόνισε την πόλη: οι υποψήφιοι βουλευτές Ιωαννίνων του Κόμματος των Προοδευτικών, Αλέξανδρος Μυλωνάς και Αλέξανδρος Μελάς, είχαν απαχθεί από την ομάδα των Κουμπαίων.

Η απαγωγή είχε πραγματοποιηθεί το πρωί, στο 13ο χιλιόμετρο, κοντά στην Ασφάκα, σε γέφυρα που αργότερα έγινε γνωστή ως «Γέφυρα Μελά». Οι Κουμπαίοι είχαν στήσει ενέδρα και απήγαγαν τους δύο πολιτικούς μαζί με τη συνοδεία τους, απαιτώντας λύτρα πέντε εκατομμυρίων δραχμών. Η υπόθεση πήρε γρήγορα πανελλήνιες διαστάσεις και έφτασε να προκαλεί ακόμη και συζητήσεις για το ενδεχόμενο αναβολής των εκλογών.

Ο Βενιζέλος, κατά τη δεξίωση που ακολούθησε την ομιλία του, φέρεται να τόνισε ότι η αποκατάσταση της ασφάλειας στην Ήπειρο αποτελούσε ζήτημα πρώτης προτεραιότητας, συνδέοντας μάλιστα την αποτυχία σε αυτόν τον στόχο με την παραίτησή του.

Στις 6 Αυγούστου οι απαγωγείς απελευθέρωσαν τον Μυλωνά, ο οποίος, αφού περιπλανήθηκε για ώρες στο δύσβατο ορεινό τοπίο πίσω από το Μιτσικέλι, κατάφερε την επόμενη ημέρα να επιστρέψει στα Ιωάννινα. Στις 11 Αυγούστου απελευθερώθηκε και ο Μελάς στην περιοχή του Λυκόστομου, αφού οι Κουμπαίοι είχαν παραλάβει 5.200.000 δραχμές. Στη συνέχεια διέφυγαν στην Αλβανία.

Παρά την αναστάτωση, οι εκλογές πραγματοποιήθηκαν κανονικά στις 19 Αυγούστου και ο Βενιζέλος επικράτησε με μεγάλη πλειοψηφία. Το Κόμμα των Φιλελευθέρων συγκέντρωσε 46,94% και κατέλαβε 178 από τις 250 έδρες της Βουλής, ενώ στην Ήπειρο πέτυχε ιδιαίτερα ισχυρή εκλογική επίδοση.

Η υπόθεση των Κουμπαίων, ωστόσο, δεν τελείωσε με τη διαφυγή τους. Στις 28 Οκτωβρίου συνελήφθησαν από την αλβανική αστυνομία στον Μεσοπόταμο του Δελβίνου και μεταφέρθηκαν στα Τίρανα. Ελληνική αντιπροσωπεία χωροφυλάκων ταξίδεψε τον Νοέμβριο στην Αλβανία για την παραλαβή τους.

Η πρώτη δίκη τους έγινε στην Κέρκυρα τον Μάιο του 1929 και οι σχετικά ήπιες ποινές προκάλεσαν έντονες αντιδράσεις στην Ήπειρο. Στις 6 Ιουνίου πραγματοποιήθηκε μεγάλο συλλαλητήριο στα Ιωάννινα, με ομιλητή τον δήμαρχο Βασίλειο Πυρσινέλλα, ενώ ακολούθησαν νέες δίκες στην Αθήνα, οι οποίες κατέληξαν στην επιβολή της θανατικής ποινής. Ο Τάκης και ο Κώστας Κουμπής, ηλικίας 29 και 27 ετών, εκτελέστηκαν στο Γουδί στις 28 Φεβρουαρίου 1930.

Η απαγωγή των Μυλωνά και Μελά αποτέλεσε, επομένως, κάτι περισσότερο από ένα εντυπωσιακό εγκληματικό περιστατικό. Συνδέθηκε άμεσα με την πολιτική συγκυρία του 1928 και με την προσπάθεια του ελληνικού κράτους να επιβάλλει την τάξη και να περιορίσει τη ληστεία. Τα Γιάννενα βρέθηκαν τότε στο επίκεντρο μιας κρίσιμης καμπής, όπου η πολιτική ζωή, η δημόσια ασφάλεια και η κοινωνική πραγματικότητα της Ηπείρου συναντήθηκαν με τρόπο δραματικό.